车内部分，小鹏X9配备了小巧精致的全液晶仪表盘和一款21.4 英寸家庭娱乐生态屏，但副驾没有配备屏幕。
车内搭载X Free breath微气候新风系统，号称“全球首发环绕式静感柔风中央空调”，车内拥有“魔方智控冰箱”，支持语音控制开关。何小鹏也戏称“都说冰箱、彩电、大沙发，我们还多加个中央空调”。
车内采用2+2+3的布局，其中第二排为两个独立的座椅，并有独立扶手，前方还配有小桌板，同时车内还拥有180mm中央通道宽度。后排有独立的空调控制区，位于中央，并且前后会有两个天窗。后备厢支持第三排放倒，其中第三排座椅支持一键电动魔术收纳，可化身为大平层。