EP3和EK9最大的差异就是在引擎，EP3所搭载的是2.0L的K20A VTEC自然进气引擎，K20A在2001年诞生，它是以当时的F20C为基础延伸出来的引擎，它也成为了后来两代Type R三个车型中的心脏，延续了B16B超高转的特性，不过因为当时的市场排放法规越来越严苛，因此EP3 Type R有两个输出的版本，分别是200 ps和215 ps，这一款Type R的周期也相当的长，从2001年销售到了2006年，而后才被新一代的Civic Type R所取代。
第三代的Type R是有史以来Civic Type R首次分成了掀背版和四门sedan版本，就是我们熟悉的FN2R还有FD2R，FD2R就是亚洲版的Civic改进而来，而FK2R则是以欧洲版的掀背Civic改进而成，在亚洲版的FD2R依旧是保留了K20A VTEC 2.0L的自然进气引擎，这具引擎的最大马力为225 ps/8,000转，峰值扭力215 Nm/7,100转，压缩比为11.7:1。
事实上对比EP3的K20A Honda在FD2R的K20A上做出了不少改良，包括了throttle body的valve控制从机械式改成电脑控制，另外直径也从原本的62 mm扩大至64 mm，至于欧洲版的FN2R则是采用了代号为K20Z4的2.0L引擎，因为欧洲的排放法规较为严苛所以不管是在马力还是扭力欧洲版本的Type R都做出了马力调降，欧洲版的Civic Type R输出仅为201 PS/7,800 RPM峰值扭力193 Nm/5,600 RPM，之后因为全球各地实施更为严苛的排放标准导致Honda不得不停产当时在售的Type R车型，并且迫使新一代的Type R车型向涡轮靠拢。
