2002年，第一代领航员退役。2003年，第二代领航员上市，第二代领航员仍然脱胎于福特征服者，但整体设计已经有了自己的设计语言，包括更厚重的大灯以及尺寸更大的直瀑式格栅。与此同时，作为定位豪华的领航员，其底盘经过重新设计，内饰则经过重新设计以及采用更高级的材质以诠释豪华车型的定位。动力方面，第二代领航员前期沿用了第一代领航员的发动机，但出于成本在后期更换了福特F-150的5.4L V8 SOHC自然吸气发动机，两款发动机的区别仅在于扭矩，并首次换装6AT变速箱。
2006年，第三代领航员率先亮相芝加哥车展。第三代领航员外观变化巨大，前脸采用类似1963年林肯大陆车型的格栅式前中网，更复杂的前大灯、拱形凸起的发动机盖让第三代车型肌肉感十足。此外，第三代领航员还拥有更好的车身刚性和行驶稳定性，采用全新的后五连杆式独立悬挂进一步提升驾驶操控性及乘坐舒适感。2014年，林肯推出第三代领航员中期改款车型，其换装了飞翼式前进气格栅，新车前大灯组也采用全新设计，尾灯组则采用左右贯穿式的设计，全LED光源也营造出不错的视觉效果。作为中期改款车型，林肯领航员换装3.5L EcoBoost V6发动机，匹配6速自动变速箱。
2017年纽约车展上，第四代领航员正式发布，其一改上一代领航员硬朗霸气的设计风格，林肯大陆如出一辙的进气格栅、悬浮式车顶以及贯穿式尾灯，使第四代领航员的豪华感进一步得到升华，而内饰设计也是一改往常的粗犷，一方面使用大量实木材质、真皮材质来体现品牌的豪华感，另一方面通过大尺寸液晶中控屏以及SYNC®3系统体现科技感。