2003年，Jeep牧马人首次推出了配备超强四驱系统的Rubicon车型，其分动箱低速挡传动比达到4:1，带有前、后机械差速锁，同时采用了更为粗壮、坚固的Dana 44车桥。与此同时，TA配备了16英寸铝合金轮圈以及固特异MTR P245/75 R16越野轮胎。此前，如果有小伙伴想拥有一辆越野能力更强的牧马人，只能通过改装，Rubicon的出现省去了这步。同年，Jeep推出牧马人“古墓丽影”特别版车型，限量1000辆。
2004年，第二代Jeep牧马人新增了代号为LJ的Unlimited车型，轴距增加了10英寸，达到2630mm。
量产的第二代Jeep牧马人仅提供两门版本，车顶分为硬顶和软顶两种，车门也有整扇和半扇可供选择。
2005年，Jeep又推出了Rubicon Unlimited车型，同时具备2630mm的长轴距和强悍的Rock-Trac四驱系统。
2006年，Jeep迎来了品牌的65岁生日，在此之际，推出了牧马人Jeep 65周年纪念版（Jeep 65th Anniversary Edition），首次提供了独特的Jeep绿色车身涂装，并且在车身上也有铭牌徽标，显示出TA与众不同的身份。该车型仅仅生产了1600辆，TA也是牧马人TJ时期，投产的最后一个版本。
#第三代牧马人（JK）（2006年-2018年）
第三代牧马人是2007年问世的牧马人JK系列，上市之初仅仅有两款车型系列，分别是牧马人和牧马人Unlimited两个系列车型，而牧马人Unlimited系列又包括三种车型牧马人X、牧马人Sahara和牧马人Rubicon。
