第二代RAV4的内饰采用了对称式风格，中控区域使用了丰富的圆形元素，并运用镀铬饰条来提升时尚感，同时中控面板的布局经过重新设计，使得驾驶员和前排乘客更容易进行操作。车内空间相比上一代更加宽敞，后排仍然是两个可以放倒翻折的独立座椅，提高了空间使用的灵活性。配置方面，第二代RAV4为高配车型提供了日间行车灯、定速巡航、电动天窗、六扬声器、车顶行李架、后扰流板等，在现关注来这些配置依然称得上主流。
除了外观内饰和车身尺寸的变化外，第二代RAV4的动力系统也进行了升级。搭载全新的2.0升直列四缸发动机，在缸体使用铝质材料减轻重量的同时，还引入了VVT-i可变气门正时技术，最大输出功率150马力，传动方面依然是5速手动或4速自动变速箱。第二代RAV4继续提供前驱和四驱版本，全时四驱系统在体积重量、传动效率等方面进行了优化。
2001年，第二代RAV4面向欧洲市场推出了柴油版车型，采用丰田最新的2.0升高压共轨柴油发动机技术，最大输出功率114马力，最大扭矩250N·m，尾气排放达到欧三标准。针对部分市场，入门前驱版车型配备1.8L发动机。2003年，第二代RAV4进行了中期改款，外观上的变化包括配备了新的前保险杠、前大灯、格栅、雾灯，采用了车身同色的背门把手和新的尾灯、备胎盖设计。安全配置方面，ABS、TRC、VSC系统等成为全系标配。