尽管全新一代皓影e:PHEV有很多优点，但是它也有不少缺点，让人难以接受。首先，它的价格偏高，相比同级别的其他车型，它并没有给消费者带来明显的性价比优势。全新皓影e:PHEV共推出3款车型，售价进行区间为22.59万-25.99万元，而同样是插电混动车型的超混电驱奇骏，则只有18.98万-21.98万元。即便是与本田自家的CR-V锐·混动对比，全新皓影e:PHEV也要贵出1-2万元左右。这样的价格差距，在紧凑型SUV市场并不容易被消费者接受。
它的充电不便，虽然作为一款插电混动车型，它可以在纯电模式下行驶91km，但是如果想要充满电池组，则需要2.5小时的时间。而且，它并没有配备快充功能，这意味着用户在长途旅行时无法快速补充电量。相比之下，超混电驱奇骏则支持快充功能，并且可以在30分钟内将电池组充至80％。对于想要享受插电混动带来的低油耗优势的用户来说，全新皓影e:PHEV的充电效率和便利性显然不够。
它的空间受限，虽然全新皓影e:PHEV在设计上尽可能地保证了后备厢空间和座舱空间的平整性和实用性，但是由于电池组和其他部件的占位问题，它仍然无法与燃油版车型相比。根据官方数据，全新皓影e:PHEV的后备厢空间容积为586L，而燃油版5座全新皓影则为627L。而且，全新皓影e:PHEV只提供了5座布局，而燃油版和混动版车型则还有7座布局可选，对于有家庭用车需求的用户来说，全新皓影e:PHEV的空间表现并不令人满意。