在车辆的配置上，林肯飞行家也完全对得起50多万的价格，车内用料甚至是可以说是不计成本的在堆积，完全将50万级豪华SUV市场的圈子“卷”了起来。车内座椅无论低配高配，全部采用nappa顶级真皮材质包裹，这种材质的甚至在宝马X5上都不是全系标配。第二排座椅具备中央扶手，还有电子触控面板，可以调整座椅靠背，开启通风等功能。
不仅如此，车内的中控台以及门板上下方全部都使用了皮质材料包裹，直接将座舱的豪华感拉满。新车还专门升级了车内的智能化设备，搭载了第3代sync+车载智联系统，新增了语音识别控制功能，指令更加精确。此外，车上还配置了表情识别显示功能。
不过林肯飞行家的换挡机构与传统的换挡机构不同，它没有传统的电子档把，也没有旋钮换挡机构，而是将车辆的档位全部设置成了按键。这排按键布局在中控台空调出风口的下方，如果是第一次开林肯的汽车，可能都不知道在哪里换挡。