法拉利499P Modificata 采用全碳纤维单体壳式底盘，配备推杆悬架和扭杆弹簧，其中推杆悬挂可以增加弹簧的行程，增加弹簧的调校范围，更适合在不同的场景下自由调校，扭杆弹簧比传言的线圈弹簧刚度更高，抑制车轮的运动，同时尺寸很小，不占用空间，这样的设计常见于勒芒赛车和F1赛车。
499P Modificata的车身大部分采用碳纤维复合材料制造，重量仅为900公斤。车身设计遵循了499P的空气动力学原理，同时进行了一些优化和调整，以提高下压力和稳定性。车轮尺寸为前310/710-18、后340/710-18，搭配由倍耐力专门开发的赛道轮胎。
499P Modificata的动力系统由两部分组成：一部分是安装在中后部的3.0升V6双涡轮增压发动机（源自法拉利的296 GT3赛车）；另一部分是安装在前轴上的电动机。值得注意的是，由于不受比赛限制，其电机可在任何时刻参与驱动，而不是仅能在190km/h以上时工作。