是的，摩托车一天跑1000公里会对车辆造成一定的损伤。首先，长时间高负荷运行会导致发动机过热，从而影响发动机的使用寿命和性能。其次，长时间的行驶也会对轮胎产生磨损，减少其使用寿命。此外，过高的行驶距离还可能导致其他部件的过度磨损或损坏。因此，虽然摩托车的设计可以承受一定程度的高速行驶，但不建议长时间进行高强度行驶。