在摩托车协议过户的过程中，一般情况下双方都不会吃亏。因为无论是买方还是卖方，他们都需要按照法律的规定和协议的约定来履行各自的义务和责任。如果任何一方没有按照约定的条款执行，那么可能会产生一些纠纷或者损失。所以，在签订摩托车转让协议时，一定要仔细审查合同内容，确保双方的权益得到保障。