是的，深圳公司的新能源汽车可以上绿色车牌。根据深圳市的交通管理规定，新能源汽车（包括电动汽车、插电式混合动力汽车和燃料电池汽车）都可以申请绿色车牌。购买新能源汽车后，车主需要向深圳市车管所提交相关申请材料，审核通过后即可办理绿色车牌手续。