电动车的合格证丢失后，是可以申请补办的。具体的补办流程可能因地区而异，但通常需要携带车主身份证、购车发票等相关证件到购买车辆的经销商或当地车管所进行申请。如果是在二手车市场购买的，可能需要去工商部门开具证明。 在补办过程中，经销商或相关部门会对车辆进行检查以确认其合法性，然后才会补发新的合格证。所以即使合格证丢失，只要你的电动车是合法购买的，就可以顺利补办。