是的，北京最新的限行政策中，违反限行规定的车辆将会被扣分。 根据《北京市关于对部分载客汽车采取交通管理措施的规定》，对于违反限行规定的车辆，车主将被处以200元罚款并扣3分。同时，如果连续两违反限行规定，除了罚款和扣分外，车辆的驾驶证还将被吊销一年。