日本国土交通省6月3日发布公告，鉴于日本大发工业等公司在获取汽车和发动机量产所需型号认证的过程中接连发生违规行为，日本国土交通省指示共85家汽车生产公司调查是否存在类似情况。截至5月底，丰田汽车、马自达、雅马哈发动机、本田技研工业和铃木共5家公司在车辆性能测试等方面存在欺诈行为。
随后，丰田、本田、马自达三家公司已就违规问题召开记者会，三家公司领导人均在记者会上公开鞠躬道歉。
马自达率先召开记者会，马自达社长毛笼胜弘等高管就违规事项鞠躬道歉。调查结果显示，在两个测试类别中共有五项测试存在违规行为，此次发现的违规行为涉及生产的150878台车辆和销售的149313台车辆，涉及车型分别是昂克赛拉、阿特兹以及MAZDA 6、MX5。这一数字令人咋舌，也进一步凸显日本汽车行业在数据诚信方面的严重问题。对于违规行为，马自达CEO Masahiro Moro将问题归因于员工对不明确的程序手册的误读，而非“有组织的隐瞒”或“恶意伪造”。
丰田在公告中丰田承认三款量产车型（卡罗拉Fielder/Axio和YarisCross）的行人和乘员保护测试数据不充分，以及四款停产车型（皇冠、Isis、Sienta和RX）的碰撞测试和其他测试方法错误，丰田认为相关车辆不存在违反法律法规的性能问题，因此没必要停止使用受影响的车辆，但从即日起将暂时停止目前在日本生产的三款车型的发货和销售。在东京召开的记者会上，丰田董事长丰田章男表示：“作为集团的负责人，我深感愧疚，我衷心向大家致歉。这是动摇认证制度根本的问题，是我们作为汽车制造商绝对不能做的事。丰田公司内部将继续进行深入调查，并采取措施防止类似事件再次发生。”
本田公告称，此前公司收到日本国土交通省的指示，对型号指定申请是否存在造假情况进行调查，调查结果确认销售的车辆存在认证测试不当，并于5月31日向日本国土交通省报告了这些情况。据报告称，自2009年以来，本田在车辆噪音测试、发动机测试等方面存在不当行为，涉及车辆总数约435万辆。不过，本田表示，这些车在性能上没有缺陷，都符合相关标准。虽然本田只有过去生产的车型被发现存在违规，但这一事实仍然令人对日本汽车行业的整体诚信度产生怀疑。