航海家在储物空间方面，空调控制按键后方设有比较大的储物格，内部有手机无线充电面板以及一个USB和一个Type-C的接口，往后是两个杯架，杯架后方的扶手箱采用分层式设计，内部还有一个12V的电源，中控台下方的储物格可以放下两个手机，最下方设有特别长条的储物格，而且都做了防滑处理，整体考虑非常周到，并且门板上也有长条型的储物格，整体储物空间还是遵循了以往林肯的设计逻辑。

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航海家在储物空间设计上，前排共有9个储物格和2个杯架。中央扶手箱空间表现值得肯定，且内部还采用了分层设计，上部的小型储物格内部可放入钱包、钥匙等物品。而底部放入水瓶后箱盖可顺利开闭。前排杯架内部配有限位器且深度尚可，可对水杯以及水瓶进行有效固定。在杯架前方还有储物格，内部可放入钱包、手机等物品，同时内部还配有手机无线充电板。副驾驶手套箱空间表现更为抢眼，放置一瓶水后还有一定空间放随车资料。前门板储物格设有独立杯槽，当放入水瓶后，还可放入雨伞等物品。

后排在储物空间上共有5个储物格和2个杯架，前排座椅后方的储物袋在放入水瓶后还可放入书籍等物品，后排杯架内部同样配有限位器，可对水瓶以及水杯起到有效固定。门板内侧储物空间宽裕，放入一瓶水后，仍有不少富余空间。但不足之处在于，后排空调出风口下方并没有设置储物格。